La Chiesa di Santa Maria la Nova, oggi museo, è detta la Nova per distinguerla da quella di Santa Maria ad Palatium, risalente al periodo svevo, che sorgeva nel luogo dove fu poi edificato il Maschio Angioino e dove esisteva, fin dal 1216, un convento di frati minori che si voleva fondato da S. Francesco.

Carlo I d’Angiò, volendo edificare Castel Nuovo, demolì il complesso cedendo in cambio ai frati, il 10 maggio 1279, il luogo ove si trova l’attuale chiesa e sul quale sorgeva, a guardia del porto, l’antica torre Maestra. Sulle antiche strutture fu edificato il convento e memoria della primitiva sistemazione sono l’asp­etto quasi di cinta muraria che il complesso assume sulla via del Cerriglio con il campanile eretto dove pro­babilmente era la torre, e con un prospetto percosso da un fregio a toro, aperto solo da poche altissime finestre ed ornato da una semplice statua di S. Antonio da Padova.

Santa Maria la Nova sorse in stile gotico, ma non si conosce l’artefice della sua costruzione.

L’edificio nel suo aspetto originario ebbe poco più di tre secoli di vita. Tra le cause che determinarono la demolizione della chiesa angioina vanno ricordati il terremoto del 1456 e quelli del 1538, 1561, 1569 e 1588 ma, in misura maggiore, lo scoppio della polveriera di Castel S. Elmo, colpita da un fulmine il 13 dicembre 1587, che la danneggiò gravemente.